GTEx数据库简介(1)
GTEx Portal作为开放资源的宝库,向全球科研人员公开了丰富的数据,包括精细的基因表达数据、QTLs(Quantitative Trait Loci,数量性状位点)以及组织显微镜图像,为生物学家提供了960位健康志愿者样本的生物银行。
GTEx,全称为Genotype-Tissue Expression,是一个由美国国立卫生研究院(NIH)资助长达十年的项目,旨在深入研究人类不同组织的特异性基因表达和调控。
GTEx全称为Genotype-Tissue Expression,是基因型组织表达的简称。该数据库于2013年首次在Nature Genetics杂志上发表的文章中提出,其目的是通过收集个体内不同组织的遗传表达变化来检查基因型组织表达。随后在2015年的Science杂志上,对GTEx进行了深入的分析和研究。
GTEx,全称为Genotype-Tissue Expression,意为基因型组织表达。
gtex面料怎么清洗
首先,手洗是较为推荐的清洗方式。在手洗时,应将水温控制在30℃左右,过冷或过热的水都会对面料造成损害。此外,选择专门的防水洗涤剂至关重要,普通洗涤剂可能会破坏面料的防水性能。在揉搓过程中,应避免使用强力搓洗,以免损伤纤维结构。轻轻揉搓可以有效去除污渍。
GTX面料分四种,GTX Performance(重装低端),GTX Paclite(轻装低端),GTX Pro(重装高端),GTX Active(轻装高端)。
生信分析中不可忽视的GTEx数据库
1、在使用TCGA数据库时,有时会面临癌症项目中正常组织数据数量较少的问题,例如卵巢癌和乳腺癌等疾病的正常组样本非常少。此时,GTEx数据库成为一种可行的选择,可以帮助我们找到正常组织样本数据,与TCGA数据整合在一起,增加样本量,提高分析的准确性和可靠性。
2、GTEx数据库在生信分析中的应用是不可忽视的,它提供了丰富的转录基因表达数据,有助于我们更深入地理解组织特异性基因表达模式,以及基因在不同组织中的调控机制。通过GTEx数据库的查询,我们可以获取到不同组织中基因表达的详细信息,这对于癌症研究、遗传学研究以及其他生命科学研究都具有重要意义。
3、疑问二:何时呼唤GTEx的援助?在TCGA数据库使用时,我们有时会遇到癌症项目中正常组织数据匮乏的问题,如卵巢癌和乳腺癌等,正常组织样本稀少。这时,GTEx就显得尤为重要,它能提供丰富的正常组织样本数据。将GTEx的数据与TCGA整合,可以显著增加样本量,帮助我们进行更全面的分析。
GTEx数据库应用举例:人类肝脏基因表达的相关性(4)
首先,我们需要了解GTEx数据库。GTEx(Genotype-Tissue Expression)是一个汇集了多个组织样本的基因表达数据集,旨在为研究人员提供人类组织中基因表达的综合视图。在本期中,我们将专注于肝脏数据,探讨如何通过GTEx数据库验证动物模型中发现的肝脏蛋白间的关系。
“大数据”在医学领域的重要性日益凸显,而GTEx数据库作为一类优质的人类数据集,其应用在科研转化与成果验证中显得尤为重要。通过GTEx数据库,我们可以探索人类基因表达的相关性,尤其是将动物模型研究发现的蛋白相互作用验证于人类肝脏上。
我们进一步发现,来自 49 种成人组织类型(GTEx Consortium,2020)的表达数量性状基因座 (eQTL) 在流行的细胞类型中最常见,例如内皮细胞和平滑肌细胞。此外,来自同质组织(如肝脏和甲状腺)的 eQTL 在相应的细胞类型中显示出最强的可及性,这些细胞类型包含组织中鉴定的大部分细胞核。
GTEx数据库简介(2)
GTEx数据库概览(2)医学大数据平台Hua+分享了一系列关于医学大数据的深入解析,本期将重点关注GTEx项目。GTEx数据库目前更新至第8版(V8),它包含了丰富的样本信息和详细的数据类型分析。
年的Nature系列文章中,GTEx整合了449个个体的5500多个转录组数据,以及29个组织的940个单细胞转录组,同时结合了基因组序列,提供了详尽的转录基因表达数据查询服务。
GTEx,全称为Genotype-Tissue Expression,意为基因型组织表达。
GTEx数据库是什么?GTEx全称为Genotype-Tissue Expression,是基因型组织表达的简称。该数据库于2013年首次在Nature Genetics杂志上发表的文章中提出,其目的是通过收集个体内不同组织的遗传表达变化来检查基因型组织表达。随后在2015年的Science杂志上,对GTEx进行了深入的分析和研究。
GTEx,全称为Genotype-Tissue Expression,是一个由美国国立卫生研究院(NIH)资助长达十年的项目,旨在深入研究人类不同组织的特异性基因表达和调控。
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